Дата заснування – 1947 рік.
Республіканський лікарсько-фізкультурний диспансер працював з 1947 по 1992 рік.
У 1967 році рішенням виконкому Київської міської ради народних депутатів створений Київський міський лікарсько-фізкультурний диспансер.
У 1988 році Київський міський лікарсько-фізкультурний диспансер реорганізовується у міське науково-практичне обʼєднання «Здоровʼя», а районні лікарсько-фізкультурні диспансери – в районні Центри «Здоровʼя».
Наказом МОЗ України № 117- О від 20.12.1991 р. «Про ліквідацію Республіканського лікувально-фізкультурного диспансеру» функції Республіканського лікарсько-фізкультурного диспансеру з 01.03.1992 р. передані Київському міському лікарсько-фізкультурному диспансеру.
Наказ МОЗ України № 40-ОС від 17.03.1992 р. «Про забезпечення виконання Республіканських функцій покладених на Київський міський лікарсько-фізкультурний диспансер».
Спільний наказ № 85/918 від 13.05.1992 р. МОЗ України та Міністерства України у справах молоді та спорту «Про створення Київського державного центру спортивної медицини» (про реорганізацію Київського науково-практичного обʼєднання «Здоровʼя» в Київський державний центр спортивної медицини).
15 квітня 1997 року Київський державний центр спортивної медицини реорганізовано в Український центр спортивної медицини МОЗ України згідно з наказом МОЗ України від 14.02.1997 року № 48 „Про реорганізацію Київського державного центру спортивної медицини та створення Українського центру спортивної медицини”.
На виконання наказу МОЗ України від 06.07.2012 р. № 115-0 Український центр спортивної медицини перейменовано в Державну установу “Український медичний центр спортивної медицини Міністерства охорони здоров’я України”.
На виконання розпорядження КМУ України від 30.09.2020 № 1201-р. Про передачу цілісного майнового комплексу державної установи Державну установу “Український медичний центр спортивної медицини Міністерства охорони здоров’я України” передано до сфери управління Міністерства молоді та спорту України.